Bien que la fellation ne puisse pas causer de grossesse, la possibilité de transmission des maladies sexuellement transmissibles entre les deux partenaires est envisageable, même si l'absence de certitudes scientifiques sur le sujet est à relever. De nombreuses MST sont concernées : le VIH - SIDA mais aussi la syphilis , l' herpès , les chlamydiae , les gonorrhées , et plusieurs types d' hépatites , cette liste n'étant pas exhaustive.

Lors d'une fellation, ce risque peut apparaître s'il y a des lésions aux lèvres et à l'intérieur de la bouche du partenaire. Une bonne hygiène bucco-dentaire est donc recommandée, mais se laver les dents peu de temps avant la fellation peut faire saigner les gencives, et avoir un effet contraire à celui recherché. On suspecte aussi une possibilité de transmission du SIDA en cas d'éjaculation dans les yeux du partenaire.
Le préservatif permet d'éviter le contact entre la personne qui effectue la fellation et les fluides sexuels de l'homme. Afin de cacher le goût du latex , de nombreux fabricants proposent des préservatifs parfumés. Cependant, le conseil d'utilisation du préservatif est ici moins suivi que pour les rapports sexuels génitaux, en raison tant de l'absence de campagnes de prévention axées sur ce point - même si celà commence à changer - que d'une plus grande modification des sensations physiques par la présence du préservatif dans le cas de la fellation, par rapport aux rapports génitaux.

Les risques liés à la fellation semblent peu pris en considération par la population. Selon le site Internet Doctissimo , un tiers des visiteurs de ce site estiment que ce n'est pas une pratique à risque. Il faut noter que peu d'études existent sur le sujet, compte tenu de la difficulté d'établir avec certitude qu'une maladie s'est transmise par sexe oral et non par une autre pratique.